Inmersos en la habitación de un departamento, Louis (Choisy) y Mousse se han desconectado de la realidad y viven en un sueño perenne alimentado por la heroína. Siempre comparten la droga pero, el día que no lo hacen, a Louis se le pasa la mano y muere. Este es el punto de partida para el viaje de Mousse: una mujer difícil que se desenvuelve frente a nuestros ojos con mayor y mayor simpatía.

Mousse (Carré) está embarazada y, aunque sabe que en su interior se está gestando una persona que tendrá vida y pensamientos propios, está completamente desconectada de ese ser. Arrogante, dependiente, confundida y solitaria, Mousse huye de sí misma. El problema, claro está, radica en que uno no puede escapar totalmente de sí mismo. Antes lo hacía a través de las drogas, pero su embarazo ya no se lo permite. Es así que, en El refugio, François Ozon reflexiona sobre la maternidad, la soledad y la capacidad de conectar con el otro, temas recurrentes en su cinematografía.

Sin tiempo para vivir el duelo por la pérdida de su amado, Mousse debe lidiar con la dureza de sus emociones. No quiere sufrir (ella misma se lo dice a una mujer que insiste en que a los hijos hay que darles todo, aunque después se vuelvan malagradecidos y abandonen a sus padres) pero tampoco sabe qué hacer para evitarlo. Lo único que le queda de Louis es el hijo que, a pesar de las adversidades, ha decidido tener. La única conexión que tiene con ese ser es el recuerdo, la necesidad de extrañar a Louis.

Refugiada en una casa cercana a la playa (quizá como un vestigio de Mirando al mar, del mismo Ozon), en donde la única interacción que tiene es con Serge, un hombre del pueblo más cercano que la abastece de comida. Su soledad es interrumpida por la llegada de Paul, el hermano de Louis que se dirige a España y ha decidido visitar a Mousse. Conforme pasan los días, su relación deja de ser superficial y comienzan a conocerse. A la mutua soledad le sigue la amistad y luego el amor. 

Ozon explora los deseos de una mujer que a pesar de sus heridas y su hermetismo, encuentra la determinación para tomar decisiones complicadas. Tal exploración podemos hallarla en otras películas de Ozon, como en Gotas de agua sobre piedras calientes (2000) y 8 mujeres (2002), pero también en las películas de Pedro Almodóvar –recordemos a Becky del Páramo en Tacones lejanos (1991) o a Raimunda en Volver (2006). En el caso de Mousse la decisión no implica matar a nadie, sino todo lo contrario: darle vida a un nuevo ser, y así recuperar algo en su interior que ha perdido.